Euroopa Komisjoni jaoks on esmatähtis tagada, et iga eelarvest eraldatud eurot kulutatakse nõuetekohaselt, kooskõlas eeskirjadega ja luues lisaväärtust.
Euroopa Komisjon teeb selle eesmärgi nimel tihedat koostööd liikmesriikide, teiste ELi institutsioonide ja rakenduspartneritega, nagu rahvusvahelised institutsioonid (nt Maailmapank, Euroopa Rekonstruktsiooni- ja Arengupank). ELi liikmesriikidel on keskne roll, kuna nad haldavad eelarve jagatud täitmise põhimõtte alusel ligikaudu 3/4 eelarvest koos Euroopa Komisjoniga. See tähendab, et abisaajatele jagavad vahendeid liikmesriigid. Seega on nad eesliinil, et tagada eelarve suunamine sinna, kus seda vajatakse, luues selleks asjakohased juhtimis- ja kontrollisüsteemid.
Ennetamine
Komisjon teeb eelkontrolle, auditeid ja kohapealseid kontrolle, et tagada selliste menetluste olemasolu ja õige korraldus. Kui komisjon leiab, et midagi on valesti minemas, võib ta sekkuda ning katkestada või peatada maksed abisaajatele või liikmesriikidele. See tähendab ELi vahendite maksmise ajutist peatamist, kuni tuvastatud probleemid on lahendatud. Komisjon võib vähendada ka makstavat summat, võrreldes abisaajalt saadud kulutaotlusega. Need on ennetavad meetmed.
Tuvastamine ja korrigeerimine
Komisjon võib võtta meetmeid ka pärast maksete tegemist. Kui komisjon avastab järelkontrollide, auditite ja kohapealsete kontrollide tulemusena, et miski on hilisemas etapis valesti läinud, võib komisjon teha finantskorrektsioone ja nõuda tagasi juba makstud summad.
Pettuse korral sekkub Euroopa Pettustevastane Amet ehk OLAF. Kui OLAFi juurdlus kinnitab, et ELi vahenditega on seotud pettus, alustab komisjon menetlust nende vahendite tagasisaamiseks.
Alates 2020. aastast tegeleb Euroopa Prokuratuur ELi eelarvet kahjustavate kuritegude uurimise, nende eest süüdistuse esitamise ja nende eest vastutusele võtmisega. Selle töö on täiendav tagatis sellele, et ELi eelarve on täielikult kaitstud.
