Europa-Kommissionen lægger stor vægt på at sikre, at hver eneste euro fra EU-budgettet bruges fornuftigt i overensstemmelse med reglerne og skaber merværdi.
Europa-Kommissionen arbejder tæt sammen med medlemsstaterne, med de øvrige EU-institutioner og med gennemførelsespartnerne såsom internationale institutioner (f.eks. Verdensbanken og Den Europæiske Bank for Genopbygning og Udvikling). EU-medlemsstaterne spiller en central rolle, da de sammen med Europa-Kommissionen forvalter ca. 3/4 af budgettet i henhold til princippet om delt forvaltning. Det indebærer, at medlemsstaterne fordeler midlerne til støttemodtagerne. De står derfor i forreste linje for at sikre, at budgetmidlerne anvendes til de tiltænkte formål, ved at oprette de relevante forvaltnings- og kontrolsystemer.
Forebyggelse
Kommissionen foretager forudgående kontrol, revision og kontrol på stedet for at sikre, at sådanne procedurer findes, og at de følges på ret vis. Hvis Kommissionen konstaterer, at noget ikke er, som det skal være, kan den gribe ind ved at afbryde eller suspendere betalinger til støttemodtagere eller medlemsstater. Det indebærer, at udbetalingen af EU-midler standses midlertidigt, indtil de konstaterede problemer er bragt ud af verden. Kommissionen kan også nedsætte det beløb, den vil betale, i forhold til det godtgørelseskrav, den har modtaget fra støttemodtageren. Der er tale om forebyggende foranstaltninger.
Opdagelse og korrektion
Kommissionen kan også gribe ind, efter at betalingerne er foretaget. På grundlag af efterfølgende kontrol, revision og kontrol på stedet, hvis det på et senere tidspunkt konstateres, at noget ikke er, som det skal være, kan Kommissionen indføre finansielle korrektioner og inddrive allerede udbetalte midler.
I tilfælde af svig tager Det Europæiske Kontor for Bekæmpelse af Svig — kendt under det franske akronym OLAF — affære. Hvis en OLAF-undersøgelse bekræfter, at der er tale om svig med EU-midler, indleder Kommissionen arbejdet med at inddrive midlerne.
Siden 2020 har Den Europæiske Anklagemyndighed arbejdet med at efterforske og retsforfølge lovovertrædelser, der skader EU-budgettet. Dens arbejde er en yderligere garanti for, at EU-budgettet er fuldt ud beskyttet.
