Europskoj komisiji je prioritet osigurati da svaki euro bude dobro potrošen u skladu s pravilima i da stvori dodanu vrijednost.
Kako bi ostvarila taj cilj Europska komisija blisko surađuje s državama članicama, drugim institucijama EU-a i provedbenim partnerima kao što su međunarodne institucije (npr. Svjetska banka i Europska banka za obnovu i razvoj). U tome ključnu ulogu imaju države članice EU-a jer zajedno s Europskom komisijom upravljaju s oko tri četvrtine proračuna u okviru podijeljenog upravljanja. To znači da države članice isplaćuju sredstva korisnicima. One su stoga prve koje moraju osigurati da se proračun raspodijeli prema potrebama uspostavom odgovarajućih sustava upravljanja i kontrole.
Prevencija
Komisija provodi ex ante kontrole, revizije i provjere na licu mjesta kako bi provjerila jesu li takvi postupci uvedeni i provode li se pravilno. Ako utvrdi nepravilnosti, Komisija može intervenirati na način da obustavi ili prekine isplatu sredstava korisnicima ili državama članicama. Drugim riječima, isplata sredstava EU-a privremeno se zaustavlja dok se ne riješe otkriveni problemi. Komisija može i smanjiti iznos isplate u odnosu na zahtjev za povrat troškova koji primi od korisnika. Riječ je o preventivnim mjerama.
Otkrivanje i ispravljanje
Komisija može poduzeti mjere i nakon isplate. Ako se na temelju ex post kontrola, revizija i provjera na licu mjesta utvrde nepravilnosti u kasnijoj fazi, Komisija može izvršiti financijske ispravke i zatražiti povrat već isplaćenih sredstava.
U slučaju prijevare uključuje se Europski ured za borbu protiv prijevara, poznat po francuskom akronimu OLAF. Ako OLAF-ova istraga potvrdi da je došlo do prijevare u vezi s financijskim sredstvima EU-a, Komisija pokreće postupak za povrat tih sredstava.
Ured europskog javnog tužitelja od 2020. radi na istragama, kaznenom progonu i podizanju optužnica za kaznena djela protiv proračuna EU-a. Rad tog ureda dodatno je jamstvo potpune zaštite proračuna EU-a.
