За Европейската комисия е приоритет да гарантира, че всяко евро от бюджета се изразходва в съответствие с правилата и създава добавена стойност.
Европейската комисия работи за постигането на тази цел в тясно сътрудничество с държавите членки, с другите институции на ЕС и с партньорите по изпълнението, като например международни институции (Световната банка, Европейската банка за възстановяване и развитие и т.н.). Държавите от ЕС имат ключова роля, защото управляват, заедно с Европейската комисия, около 3/4 от бюджета съгласно принципа на споделено управление. Това означава, че държавите членки отпускат средствата на съответните бенефициери. Ето защо най-вече те са тези, които трябва да се погрижат финансирането да отива там, където е необходимо, като създадат съответните системи за управление и контрол.
Превенция
Комисията извършва предварителни проверки, одити и проверки на място, за да се увери, че такива процедури съществуват и се извършват правилно. Ако Комисията установи наличието на проблем, тя може да се намеси, като прекъсне или спре плащанията към бенефициери или държави членки. Това означава временно прекратяване на предоставянето на средства от ЕС, докато установените проблеми не бъдат отстранени. Комисията може също така да намали сумата, която ще плати, в сравнение със сумата, която е посочена в искането за възстановяване на разходи, подадено от бенефициера. Всичко това са превантивни действия.
Откриване и коригиране
Комисията може също така да предприеме действия след извършването на плащания. Ако въз основа на последващи проверки, одити и проверки на място Комисията установи на по-късен етап наличието на проблем, тя може да направи финансови корекции и да изиска възстановяването на вече изплатени суми.
В случай на измама се намесва Европейската служба за борба с измамите (OLAF). Ако разследване на OLAF потвърди наличието на измама с отпуснати от ЕС средства, Комисията започва работа по възстановяването на средствата.
От 2020 г. насам Европейската прокуратура разследва, осъществява наказателно преследване и предава на съд извършителите на престъпления срещу бюджета на ЕС. Нейната работа е допълнителна гаранция, че бюджетът на ЕС е напълно защитен.
