Euroopan komissiolle on ensisijaisen tärkeää varmistaa, että jokainen talousarviosta maksettava euro käytetään tehokkaasti ja sääntöjen mukaisesti ja että se tuottaa lisäarvoa.
Komissio tekee tiivistä yhteistyötä tämän tavoitteen saavuttamiseksi EU-maiden, muiden EU:n toimielinten ja toteutuskumppaneiden, kuten kansainvälisten instituutioiden kanssa. Tällaisia instituutioita ovat mm. Maailmanpankki ja Euroopan jälleenrakennus- ja kehityspankki. EU-mailla on keskeinen rooli talousarvion toteutuksessa. Ne hallinnoivat yhdessä Euroopan komission kanssa noin kolmea neljäsosaa EU:n talousarviosta (yhteistyöhön perustuva hallinnointi). Käytännössä EU-maat jakavat varoja tuensaajille. Niiden on siksi ensimmäisenä varmistettava, että EU-varat käytetään todelliseen tarpeeseen. Tätä varten ne ovat ottaneet käyttöön hallinnointi- ja valvontajärjestelmiä.
Ennaltaehkäisy
Komissio tekee ennakkotarkastuksia, tarkastuksia ja paikalla tehtäviä tarkastuksia sen varmistamiseksi, että EU-mailla on käytössään tarvittavat menettelyt ja että niitä noudatetaan asianmukaisesti. Jos komissio havaitsee ongelmia, se voi puuttua asiaan ja keskeyttää edunsaajille tai jäsenmaille kohdennetut maksut tai lykätä niitä. EU:n varojen maksaminen voidaan keskeyttää, kunnes havaitut ongelmat on ratkaistu. Komissio voi myös pienentää maksamaansa määrää suhteessa edunsaajan esittämään maksupyyntöön. Nämä ovat ennaltaehkäiseviä toimia.
Ongelmien havaitseminen ja korjaaminen
Komissio voi ryhtyä toimiin myös maksujen suorittamisen jälkeen. Jos komissio huomaa myöhemmin jälkitarkastusten, tarkastusten ja paikalla tehtyjen tarkastusten perusteella, että jokin on menossa vikaan, se voi tehdä rahoitusoikaisuja ja periä takaisin jo maksetut määrät.
Jos kyseessä on petos, Euroopan petostentorjuntavirasto (OLAF) ryhtyy toimiin. Jos OLAFin tutkimuksessa saadaan vahvistus EU:n varoihin liittyvästä petoksesta, komissio alkaa periä varoja takaisin.
Euroopan syyttäjänvirasto (EPPO) on vuodesta 2020 alkaen tutkinut EU:n talousarvioon kohdistuvia rikoksia, nostanut niistä syytteitä ja saattanut ne toimivaltaisten tuomioistuinten ratkaistavaksi. EPPO täydentää näin EU:n talousarvion suojaa.
