Az Európai Bizottság kiemelt feladatának tartja, hogy biztosítsa: az uniós költségvetésből származó minden egyes euró szabályszerűen legyen elköltve és többletértéket teremtsen.
Az Európai Bizottság e törekvés jegyében szorosan együttműködik a tagállamokkal, a többi uniós intézménnyel és a végrehajtó partnerekkel, köztük a nemzetközi intézményekkel (pl. Világbank, Európai Újjáépítési és Fejlesztési Bank). A fő feladat azonban az uniós tagállamokra hárul, mivel a megosztott irányítás keretében a költségvetés mintegy háromnegyedét ők kezelik, az Európai Bizottsággal közösen. A megosztott irányítás esetében a forrásokat a tagállamok osztják szét a kedvezményezettek között. Ezért elsősorban nekik kell megfelelő irányítási és kontrollrendszerek létrehozásával gondoskodniuk arról, hogy oda kerüljön a pénz a költségvetésből, ahol szükség van rá.
Megelőzés
A Bizottság előzetes ellenőrzésekkel, auditokkal és helyszíni ellenőrzésekkel vizsgálja, hogy a tagállamoknak vannak-e ilyen rendszereik, és azok megfelelően működnek-e. Ha a Bizottság problémát észlel, beavatkozhat, például megszakíthatja/felfüggesztheti a kedvezményezetteknek vagy a tagállamoknak szánt kifizetéseket. Ez annyit jelent, hogy a feltárt problémák megoldásáig ideiglenesen le kell állítani az uniós pénzek folyósítását. A Bizottságnak ilyen esetekben lehetősége van arra is, hogy kisebb összeget fizessen ki, mint amennyi a kedvezményezettől kapott költségigénylésen szerepel. Ezek megelőző intézkedések.
Észlelés és korrekció
A Bizottságnak a kifizetések teljesítését követően is van lehetősége a cselekvésre. Ha a Bizottság a későbbi szakaszokban észleli, hogy valami nincs rendben, utólagos ellenőrzések, auditok és helyszíni ellenőrzések eredménye alapján pénzügyi korrekciókat vezethet be, és visszakövetelheti a már kifizetett összegeket.
Csalás esetén az Európai Csalás Elleni Hivatal (a hivatal francia megnevezéséből kialakított betűszóval: az OLAF) lép fel. Ha az OLAF vizsgálatai megerősítik, hogy uniós pénzek csalással illetéktelen kezekbe kerültek, a Bizottság azon lesz, hogy visszaszerezze az így elköltött forrásokat.
2020 óta az Európai Ügyészség is azon dolgozik, hogy kivizsgálja az uniós költségvetést sértő bűncselekményeket, valamint büntetőeljárás alá vonja és bíróság elé állítsa az elkövetőket. Munkája további garanciát jelent az uniós költségvetés teljes körű védelmére.
