Jednou z priorit Komise je, aby každé euro z rozpočtu bylo vynaloženo správně, v souladu s pravidly a aby přinášelo přidanou hodnotu.
Evropská komise v zájmu splnění tohoto cíle úzce spolupracuje s členskými státy, s ostatními orgány EU a s prováděcími partnery, jako jsou mezinárodní instituce (např. Světová banka, Evropská banka pro obnovu a rozvoj). Členské státy EU hrají spolu s Evropskou komisí klíčovou úlohu v řízení přibližně 3/4 rozpočtu, přičemž se postupuje podle zásady sdíleného řízení. To znamená, že členské státy rozdělují finanční prostředky mezi příjemce. Právě ony v hlavní míře zajišťují, aby rozpočtové prostředky směřovaly tam, kde je to zapotřebí, a to zavedením příslušných řídicích a kontrolních systémů.
Prevence
Komise provádí předběžné kontroly, audity a kontroly na místě, aby zajistila, že jsou tyto postupy zavedeny a provádějí se správným způsobem. Pokud Komise zjistí, že tomu tak není, může zasáhnout tak, že přeruší nebo pozastaví platby příjemcům nebo členským státům. To znamená, že se dočasně zastaví vyplácení finančních prostředků EU, dokud nebudou zjištěné problémy vyřešeny. Komise může rovněž snížit částku, kterou uhradí ve srovnání s výší, kterou příjemce uvedl v žádosti o proplacení nákladů. V případě těchto kroků se jedná o preventivní opatření.
Detekce a oprava
Komise může přijmout opatření i po provedení plateb. Pokud na základě následných kontrol, auditů a kontrol na místě zjistí, že v pozdější fázi došlo k pochybení, může Komise zavést finanční opravy a získat zpět již vyplacené peníze.
V případě podvodu zasáhne Evropský úřad pro boj proti podvodům (známý pod svou francouzskou zkratkou OLAF). Pokud vyšetřování úřadu OLAF potvrdí, že došlo k podvodu s penězi EU, Komise začne pracovat na zpětném získání finančních prostředků.
Od roku 2020 pracuje Úřad evropského veřejného žalobce na vyšetřování, stíhání trestných činů proti rozpočtu EU a předkládání případů takovýchto činů před soud. Jeho činnost je dodatečnou zárukou plné ochrany rozpočtu EU.
