Inspektor ochrony danych czuwa nad tym, by administratorzy danych przestrzegali swoich zobowiązań w zakresie ochrony danych, a osoby przekazujące swoje dane były informowane o swoich prawach i obowiązkach wynikających z rozporządzenia (UE) 2018/1725.
Inspektor ochrony danych zapewnia w sposób niezależny wewnętrzne stosowanie przepisów rozporządzenia (UE) 2018/1725 oraz prowadzi publiczny rejestr operacji przetwarzania danych osobowych przeprowadzanych przez Komisję.
W każdej dyrekcji generalnej (DG) Komisja powołała koordynatora ds. ochrony danych. Decyzję tę podjęto ze względu na wielkość instytucji oraz konieczność posiadania łączników w poszczególnych dyrekcjach generalnych. Istnieje również specjalny inspektor ochrony danych w Europejskim Urzędzie Zwalczania Nadużyć Finansowych (OLAF).