Αποστολή του Υπεύθυνου Προστασίας Δεδομένων (ΥΠΔ) είναι να διασφαλίζει ότι οι υπεύθυνοι επεξεργασίας τηρούν τις υποχρεώσεις που υπέχουν ως προς την προστασία δεδομένων, και ότι τα υποκείμενα των δεδομένων ενημερώνονται για τα δικαιώματα και τις υποχρεώσεις τους σύμφωνα με τον κανονισμό (ΕΕ) 2018/1725.
Ο Υπεύθυνος Προστασίας Δεδομένων εξασφαλίζει με ανεξάρτητο τρόπο την εσωτερική εφαρμογή των διατάξεων του κανονισμού (ΕΕ) 2018/1725 και τηρεί δημόσιο μητρώο των πράξεων επεξεργασίας που διενεργεί η Ευρωπαϊκή Επιτροπή.
Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή έχει ορίσει έναν Συντονιστή της Προστασίας Δεδομένων (ΣΠΔ) για κάθε γενική διεύθυνση. Λόγω του μεγέθους της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, είναι απαραίτητο να υπάρχουν αρμόδιοι για την προστασία δεδομένων σε όλες τις γενικές διευθύνσεις. Υπάρχει επίσης ειδικός Υπεύθυνος Προστασίας Δεδομένων για την Ευρωπαϊκή Υπηρεσία Καταπολέμησης της Απάτης (OLAF).