Мандатът на длъжностното лице по защита на данните се състои в това да гарантира, че администраторите на данни съблюдават своите задължения за защита на данните, а лицата, за които се отнасят данните, са информирани за своите права и задължения съгласно Регламент 2018/1725.
Длъжностното лице по защита на данните гарантира по независим начин вътрешното прилагане на разпоредбите на Регламент 2018/1725 и поддържа публичен регистър на операциите по обработка, извършвани от Комисията.
Комисията назначава координатор за защита на данните във всяка генерална дирекция. Това се налага поради мащабите на институцията и необходимостта от такова звено във всяка генерална дирекция. В Европейската служба за борба с измамите (OLAF) има и специално длъжностно лице по защита на данните.