Прилагането на Споразумението за оттегляне изисква действия както на равнище ЕС, така и на равнището на държавите членки.
За да има полза от дадено споразумение, то трябва да се прилага ефективно. Прилагането на Споразумението за оттегляне предполага приемането на правни актове от Европейския съюз, неговите държави членки и Обединеното кралство, както и приемане на политики и мерки, свързани с оттеглянето на Обединеното кралство. Това включва и отговорността за наблюдение на прилагането от двете страни по споразумението и за осигуряване на спазването на разпоредбите.
След 1 януари 2021 г. трябва да бъде свършена особено много работа в някои области, а именно:
- продължаване на работата на съвместния комитет, който да следи за прилагането на Споразумението за оттегляне. Той ще бъде съставен от представители на ЕС и Обединеното кралство, като двете страни по споразумението ще бъдат съпредседатели.
- Прилагане на Протокола за Ирландия/Северна Ирландия, който изисква безпрецедентни процедури в редица области, по-специално по отношение на митниците, и ветеринарни и фитосанитарни мерки.
- прилагане на разпоредбите относно правата на гражданите, които също изискват внимателно наблюдение от страна на Европейската комисия.
- прилагане на финансовото споразумение, което гарантира, че Обединеното кралство и ЕС ще изпълнят всички финансови задължения, поети по време на членството на Обединеното кралство в Европейския съюз.